選擇離子交換樹脂的一般原則是選擇交換容量大、容易再生、而且使用耐久的樹脂。具體來說：
    （1）交換容量是離子交換樹脂性能的一個重要指標，交換容易越大則同體積的樹脂能吸附的離子越多，一個交換周期的制水量也越大。弱酸或弱堿性樹脂比強酸或強堿性的樹脂交換容量大。另外，在同類樹脂中，由于樹脂的交聯度不同，交換容量也不同。一般交聯度小的樹脂交換容量大；交聯度大的樹脂交換容量小。因此在選擇樹脂時要注意。
　　（2）要根據原水中需要去除離子的性質來選擇樹脂。如果只需要去除水中交換吸附性弱的離子時，則必須選用強酸或強堿性樹脂。
　　（3）要根據出水水質要求來選擇樹脂。如果只需要部分除鹽的系統，可以選用強酸性陽樹脂和弱堿性陰樹脂配合使用。對于必須除鹽的純水或高純水系統，則要選擇吸附性強的強酸性陽離子交換樹脂和旨堿性陰離子交換樹脂配合使用，以去除較難吸附的離子。
4）要根據原水中雜質的成分來選擇樹脂。如原水中有機物較多，或去除離子的半徑較大時，應選用交聯網孔直徑較大的樹脂。盡量選擇高強度多孔性樹脂。
    （5）用于混合床的樹脂，較多的是強酸-強堿性樹脂的組合。但要考慮混合床樹脂再生時分層容易，因此，要求兩種樹脂的濕真密度之差應大一些，一般應不小于15%～20%。另外，還要考慮到混合床運行時交換流速比較大，樹脂磨損較為嚴重的情況，故應選擇耐磨性的樹脂。
    （6）要根據除鹽水工藝要求來選擇樹脂。例如雙室床，選用強、弱性樹脂配合使用，因為弱性樹脂容易再生，對再生劑的質量要求也比較低，可以利用強性樹脂再生后的再生液來再生弱性樹脂，這樣，再生劑的消耗低，制水成本低。